Auch wenn der weitere Ausbau der Halle-Kasseler Bahn voran ging (ab 1994 wurde durchgehend elektrisch gefahren, womit diese Verbindung der zweite elektrische Lückenschluss zwischen DB und DR war), im Bezug auf den Fernverkehr gab es jeweils immer nur ein kurzzeitiges „Aufflackern“: in den Fahrplänen 1993 und 1994 gab es neben dem schon erwähnten Basler Nachtschnellzug zwei IR-Paare, die mutmasslich Linientauscher von der IR-Linie (Konstanz-) Karlsruhe – Frankfurt – Kassel – Hamburg waren und zwischen Frankfurt und Halle resp. Konstanz (!) und Dessau pendelten.
In den 2010er Jahren verirrten sich dann wechselnde Verstärkungs-IC des Wochenend-Zusatzverkehrs (gerade ab Frankfurt herrschte hier ab Freitagnachmittag eine stark erhöhte Nachfrage, auf die die DB mit entsprechenden Zusatzzüge reagierte) auf die Strecke, was die Strecke immerhin kurzzeitig in den Genuss von (für ehemaliges Reichsbahngebiet) so exotischen Triebfahrzeugen wie der BR 181.2 brachte, die in ihren letzten Jahren regelmässig solche Züge bespannte.
Ansonsten gab es im Personenverkehr neben Regionalzügen eine schnelle RE-Linie von Halle nach Kassel, die sich vor allem nach der Einführung des „Schönen-Wochenende-Tickets“ auch einer hohen Nachfrage im (niedrigpreisigen) Fernverkehr erfreute.
Ab September 1998 erhielt dieses Angebot des „Fern-Regionalverkehrs“ nach Eröffnung der „Eichenberger Kurve“, die direkte Züge aus Richtung Göttingen in Richtung Leinefelde ermöglichte, Zuwachs durch eine RE-Linie, die in ihren besten Zeiten den Laufweg Göttingen-Glauchau/ Zwickau hatte und für die in Gotha eine zweite Umfahrungskurve gebaut wurde, mittels derer Züge aus Richtung Leinefelde ohne Kopf zu machen nach Erfurt weiterfahren konnten. Dank des Einsatzes von Neigetechnik-Fahrzeugen wurden hier recht attraktive Fahrtzeiten erreicht.
Mittlerweile ist Gotha wieder in die Linie einbezogen (die über die „Gothaer Kurve“ geführten Züge hielten nur in Gotha Ost) und der Zwickauer Ast entfallen, die restliche Linie existiert als „RE 1“ (für eine Thüringen quasi von Nordwesten nach Südosten im 2-Stunden-Takt durchquerende Linie sicher eine standesgemässe Bezeichnung) heute noch. Die direkten Züge von Halle nach Kassel-Wilhelmshöhe firmieren inzwischen als RE 9, diese Züge werden mittlerweile durch Abellio Mitteldeutschland – und somit durch einen Ableger der Niederländischen Staatsbahnen – gefahren. Insgesamt erinnert im Angebot somit nur noch wenig an die kurze „Blütezeit“ der Strecke im Fernverkehr der Nachwendezeit.
